不合法。根据《劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或终止劳动合同时出具解除或终止证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。工资支付与办理离职手续是公司的法定义务，不得以劳动者未办理工作交接为由进行扣押。但，劳动者应当按照双方约定办理工作交接。若因未交接造成损失，公司可另行主张赔偿，但不能以此为由克扣工资或不出具离职证明。您可以向劳动监察大队投诉，要求责令公司支付工资并出具证明。若因此导致您无法入职新单位造成损失，还可要求原公司赔偿。