应以在对外发生法律效力的文书上署名的行政机关为共同被告。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第四款，两个以上行政机关作出同一行政行为的，共同作出行政行为的行政机关是共同被告。关键在于识别哪个（些）机关是行为的“作出者”。通常以在行政处罚决定书、行政强制决定书等法律文书上盖章、署名的机关为准。如果联合执法中只有一个机关以自己的名义对外作出决定，则只告该机关。如果无法确定，或者多个机关共同参与并共同承担责任，则列为共同被告。在复议中同理，可以向其共同的上一级行政机关申请复议，也可以向其中任何一个机关的上一级机关申请，由该机关受理并转送有管辖权的复议机关（《行政复议法实施条例》第十二条）。将相关机关列为共同被告或共同被申请人，有利于查清事实和责任分配。